Grundgenetik og tilhørende ordforklaring:
En hest har 64 kromosomer, hvoraf de 32 kommer fra moderhoppen og de andre 32 kommer fra faderhingsten. Kromosomerne kan stilles op parvis, så de 2 og 2 svarer til hinanden (sådan 2 tilsvarende kromosomer kaldes alleler). Generne sidder på række ned langs kromosomerne. En hest har således 2 gener for alting (et fra faderen og et fra moderen).

Generne betegnes med bogstaver, som stammer fra navnet på det locus (sted på kromosomet), som de sidder i. Generelt betyder store bogstaver, at genet er dominant, og små bogstaver at det er recessivt. Det dominante gen bestemmer over det recessive gen, dvs. at hvis en hest har fået et dominant gen fra den ene forælder og et recessivt gen fra den anden forælder, så vil hesten kun udtrykke det dominante gen. For at udtrykke det recessive gen, er det altså nødvendigt at have 2 af dem. Hestens genotype beskriver begge generne i et locus (f.eks. genotype Aa). Hestens fænotype (sådan som den ser ud) beskriver det gen, som er udtrykt (f.eks. fænotypen A).

Den farve, som en hest har, er en kombination af mange geners indvirkning. Man kan betragte det sådan, at vi lægger flere farvelag ovenpå hinanden for til sidst at ende op med en bestemt farve. Først har vi et genpar, der bestemmer om en hest bliver sort eller rød. Dernæst et andet genpar, der bestemmer om den sorte hest bliver brun eller får lov til at forblive sort. Dernæst et tredje genpar, der bestemmer om en hest forbliver hhv. rød/ brun/ sort eller om farven fortyndes til hhv. palomino/ buckskin/ smokey black. Et fjerde genpar bestemmer om en hest bliver broget eller får lov til at forblive helfarvet, osv. Der er utrolig mange farvegener og det ville være uoverskueligt at opremse dem alle i beskrivelsen af en hest. De to førstnævnte genpar, der tilsammen bestemmer om en hest bliver rød, brun eller sort medtages altid. Derudover er det kun de gener, som direkte har indflydelse på den pågældende farve, der beskrives. Dvs. at de gener, som "ikke gør noget" men bare lader hesten være den farve, som den er, udelades (f.eks. udelades genet for "ikke-broget", når man taler om en helfarvet hest).

Rød/sort (extension-locus):
E : producerer sort farvestof (eumelanin)

e : producerer rødt farvestof (pheomelanin)
Dvs. at en hest med generne EE eller Ee bliver sort, men har den ee bliver den rød.

Sort/brun (agouti-locus):
A: fortynder det sorte på selve kroppen til rød, men lader benene, man, hale og øre-snipperne være sorte a

: lader en sort hest forblive sort

Dvs. at en hest med generne EEAA, EEAa, EeAA eller EeAa bliver brun, mens en hest med EEaa eller Eeaa forbliver sort. (En rød hest kan således have genotypen eeAA, eeAa eller eeaa. )

(Hvis det ene gen er dominant, så skriver man normalt en streg for det andet gen, fordi det er uden betydning for fænotypen (hesten farve), om det andet gen er dominant eller recessivt. En brun hest vil derfor altid være E-A-, hvilket inkluderer alle 4 ovennævnte muligheder).

A-alleler
Der findes tre typer af dominante A-gener: A+, AA og At, som hver især påvirker den røde farve lidt (+ står for vildt-genet). A+dominerer over AA og At, og AA dominerer over At. Farvekombinationerne bliver da:

E- A+- : Light bay (rød på kroppen, sorte ben strækker der ikke sig op over knæet)
E- AA - : Bay (rød på kroppen, sorte ben der strækker sig op over knæet)
E- At - : Brown (sorte hår mellem de røde på selve kroppen. Kan ligne en sort hest, men har som minimum røde hår i lysken og på mulen)
E- aa : Sort
ee A+- : Light chestnut eller Sorrel (meget lys rød hest)
ee AA - : Red chestnut (pelsen skinner rødt)
ee At - : Standard chestnut (pelsen skinner gult)
ee aa : Liver chestnut (mørk leverrød hest)

(Et ekstremt tilfælde af lyse røde heste (eeA+-) er haflingeren. Den ligner næsten en palomino, men hvis farven skulle skyldes palomino-genet, så ville der af og til forekomme cremello'er i bestanden, hvilket ikke er tilfældet.)

Palomino/buckskin (Cream-locus):
C : Lader farven forblive ufortyndet
Cr : Er co-dominant. Ét Cr-gen fortynder rød til gul. Virker ekstra kraftigt på man og hale, som bliver hvide. 2 Cr-gener fortynder både rød og sort, så hesten bliver cremefarvet med blå øjne.

Palomino: røde heste med et enkelt Cr-gen bliver gule med hvid man og hale:
ee A+- CCr : Isabella (meget lys gul)
ee AA- CCr : Golden palomino (varm gul farve, bliver ikke lysere om vinteren)
ee At- CCr : Seasonal palomino (bliver lysere om vinteren end om sommeren)
ee aa CCr : Chocholate palomino (næsten brunlig kropsfarve

Buckskin: brune heste med et enkelt Cr-gen bliver gule med sort man og hale:
E- A+- CCr : Cream buckskin (næsten hvidlig gul på kroppen)
E- AA- CCr : Golden buckskin (varm gul farve)
E- At- CCr : Standard buckskin

Smokey black:: sorte heste med et enkelt Cr-gen:
E- aa CCr (ligner let afbleget sort)

Heste med 2 Cr-gener bliver cremefarvede med lyserød hud og blå øjne:
ee - - CrCr (rød hest): Cremello
E- A- CrCr (brun hest): Perlino
E- aa CrCr (sort hest): Smokey cream

Andre gener, som påvirker farven:
Sooty: Enkeltstående sorte hår, som mikses ind mellem de røde hår i pelsen. Genet hedder Sty. Det kan være svært at se på røde heste. En "sooty standard chestnut" kan ligne en leverrød hest til forveksling.

Flaxen: Man og hale er lyse. Genet hedder Ff.

Mealy: Lys bug og mule (samt evt også underben).

Palomino-føllets farve:
Seasonal palomino'er fødes helt lyse og får en mørkere farve som voksne. True coloured palomino fødes lidt mørkere (næsten abrikos-farvede ).

Hvilken farve afkom kan man forvente?
For at udregne chancen for at få en bestemt farve afkom, kan man lave en Punnet Square, som viser de forskellige mulige kombinationer af de afgørende gener fra faderhingsten og moderhoppen. Antallet af mulige kombinationer er 2n, hvor n er antallet af alleler, som betragtes, pr. hest. Ser man f.eks. på 1 enkelt gen (2 alleler pr. hest), så er mulige udfald: 22 = 4 mulige kombinationer. Har vi at gøre med 3 gener, så er der: 26 = 64 mulige kombinationer. Krydser man f.eks. en palomino (ee - - CCr) med en rød (ee - - CC) hest, så kan man nøjes med at medtage allelerne i C-locus. Det ville være overflødigt at medtage allelerne i E-locus, da de alle er e, hvorfor føllet 100% sikkert får genotypen ee. Allelerne i A-locus (markeret ovenfor med en streg) er ligegyldige for, om man får en palomino eller en rød hest, så derfor kan disse også udelades. Herunder er lavet eksempler på forskellige krydsninger:

Palomino (CCr) hest x Rød (CC) hest (Giver 50% chance for palomino)

Palomino Rød	C	Cr
C	CC Rød	CCr Palomino
C	CC Rød	CrCr Cremello

Palomino (CCr) hest x Palomino (CCr) hest (Giver 50% chance for palomino)

Palomino Palomino	C	Cr
C	CC Rød	CCr Palomino
Cr	CCr Palomino	CrCr Cremello

Palomino (CCr) hest x Cremello (CrCr) hest (Giver 50% chance for palomino)

Palomino Cremello	C	Cr
C	CCr Palomino	CrCr Cremello
Cr	CCr Palomino	CrCr Cremello

Cremello (CrCr) hest x Rød (CC) hest (Giver 100% chance for palomino)
 

Cremello Rød	Cr	Cr
C	CC Palomino	CCr Palomino
C	CCr Palomino	CrCr Palomino

Buckskin (Ee AA CCr) hest x Rød (ee AA CC) hest (Giver 25% chance for palomino)

Buckskin Rød	EC	ECr	eC	eCR
eC	EeCC Brun	EeCCr Buckskin	eeCC Rød	eeCCr Palomino
eC	EeCC Brun	EeCCr Buckskin	eeCC Rød	eeCCr Palomino
eC	EeCC Brun	EeCCr Buckskin	eeCC Rød	eeCCr Palomino
eC	EeCC Brun	EeCCr Buckskin	eeCC Rød	eeCCr Palomino

Rød (ee Aa) hest x Brun (Ee Aa) hest (Begge med skjult a og den Brune med skjult e)

Rød Brun	eA	ea	eA	ea
EA	EeAA Brun	EeAa Brun	EeAA Brun	EeAa Brun
Ea	EeAa Brun	Eeaa Sort	EeAa Brun	Eeaa Sort
eA	eeAA Rød	eeAa Rød	eeAA Rød	eeAa Rød
ea	eeAa Rød	eeaa Leverrød	eeAa Rød	eeaa Leverrød

Tak til Liselotte Gøtze, der har læst farvegenetik.

Bøger om favrvegenetik hos heste:
Ønsker man at sætte sig yderligere ind i farvegenetikkens verden, så kan man læse mere i bl.a. flg. bøger:

"Hestens farver" af Anne Phaff Ussing (Dansk sprog)

"Horse Genetics" af Ann T. Bowling (Engelsk sprog)
"Equine color Gennetics" af D. Phillip Sponenberg (Engelsk sprog)
"Horse colour Explained" af Jeanette Gower (Engelsk sprog)